La arqueología de Cajamarca está comenzando a conocerse cada vez más, de modo que ahora se sabe que hay ocupaciones muy antiguas de cazadores y recolectores, que hacia 1800-1500 ya se habían convertido en agricultores y ceramistas. Parece ser que la cerámica más antigua del Perú , conocida como Pondache y Yesopampa, se encuentra en esta región. En Huacoloma se ha encontrado una larga secuencia que señala el progresivo dominio de los valles y la difusión de la ganadería de camélidos desde el sur. Desde ese tiempo hay grandes templos y obras de ingeniería hidráulica notables como Cumbemayo. La culminación de esta etapa formativa, que incluye sitios como Kunturwasi y Pacopampa, se vislumbra como una época de gran auge cultural. Luego, se organizó la Cultura Cajamarca, famosa por su bella cerámica hecha de caolín, que alcanzó notable prestigio en todos los andes, gracias a que los Wari llevaron consigo utensilios diversos para usos de élite. En aquel tiempo era muy desarrollada la región de Huamachuco y Cajabamba, donde hay centros importantes como Marca-Huamachuco. Cuando los Wari lo conquistaron, establecieron allí uno de sus mejores centros administrativos, en Viracochapampa. Después de los Wari, hubo una descomposición urbana, hasta que se produjo la conquista Inca, que estableció su capital regional en donde es ahora la ciudad de Cajamarca.

En la plaza principal se produjo la captura del Inca Atahualpa quien para recuperar su libertad ofreció al español Francisco Pizarro el más cuantioso rescate que jamás se haya pagado. En enero de 1,821 Cajamarca jura su independencia, en abierto desafío al poder español. En la actualidad, Cajamarca posee una de las más importantes cuencas lecheras del país.