El departamento de Amazonas está constituido por regiones de selva y sierra, pero con una predominancia de la zona selvática que se extiende hacia el norte hasta la frontera con el Ecuador en las cumbres de la Cordillera del Cóndor, por su vertiente oriental. La zona de sierra se encuentra en sus provincias meridionales y sólo abarca la cuarta parte de su superficie.

El extenso y profundo Valle del Marañón, que constituye otro de los importantes rasgos morfológicos de este departamento, atraviesa gran parte de su territorio y va ensanchándose de Sur a Norte, llegando a alcanzar gran amplitud en la zona de Bagua, angostándose luego al pasar la Cordillera Oriental en su camino hacia la Amazonía baja, cruzando esos pórticos naturales denominados "pongos" , palabra quechua que significa puerta. El Valle del Utcubamba se desarrolla longitudinalmente hasta el Río Marañón, siendo el principal centro de producción y de localización de grupos humanos.

Cuenta con variadas atracciones naturales y vestigios de épocas pasadas como la Fortaleza de Kuelap (150 kms. de Chachapoyas). y los pongos (puerta en Quechua) de Rentema y Manseriche. Además, los cañones del Comaina, con su vegetación de grandes árboles cuyas ramas llegan a cubrir el lecho del río, y los cañones interandinos del Utcubamba, son paisajes de belleza incomparable. En la carretera hacia San Martín, la Laguna de Pomacocha cuenta con un Hotel de Turistas, constituyendo uno de los atractivos naturales del departamento.

En la Cordillera Oriental, por donde pasa el Marañón, se puede practicar la caza y la pesca por la gran variedad de especies que abundan en el lugar.