Los centros arqueológicos perdidos entre el follaje de la selva emergen como testimonio de la antigüedad del hombre en la región. La mayoría de Culturas Prehispánicas que florecieron en toda esta área son todavía un misterio por falta de investigación. La Fortaleza de Kuelap es el monumento más representativo de esta época. Es una obra de arquitectura militar de monumentales proporciones, que demuestra que los hombres de la región alcanzaron un alto grado de civilización. Durante la Época Incaica se desarrolló la Cultura de los Sachapuyas, que constituyeron una fuerte oposición al Tahuantinsuyo, rechazando las primeras tentativas de los Incas por incorporar esa región al Imperio.

La capital de este departamento, Chachapoyas , fue fundada en 1,538 por Alonso de Alvarado. En ese mismo año se levantó su primera iglesia y más tarde, se levantaron las Iglesias de Santa Ana, San Lázaro y Señor de Burgos. En Abril de 1821 y secundando la acción del Ejército Libertador de San Martín, los habitantes de Chachapoyas desconocieron a las autoridades españolas y las desterraron.

El departamento de Amazonas estuvo estrictamente vinculado al pensamiento y acción emancipadores. Su más destacado representante en este campo fue el clérigo Toribio Rodríguez de Mendoza que alertó a toda la generación de patriotas en la idea de Nación y Perú, él fue uno de los pensadores que firmó el Acta de la Independencia Nacional.

En este departamento está ubicada la Cordillera del Cóndor, que fue escenario del conflicto entre Perú y Ecuador en 1,981.